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如何在 AWS linux 操作系统中安装生物信息学库,如trimmomatic、bowtie2、samtools、seqtk 等?

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本文将分享如何在AWSlinux操作系统中安装生物信息学库,如trimmomatic、bowtie2、samtools、seqtk等?的详细内容,此外,我们还将为大家带来关于AWSASG的意外行为,A

本文将分享如何在 AWS linux 操作系统中安装生物信息学库,如trimmomatic、bowtie2、samtools、seqtk 等?的详细内容,此外,我们还将为大家带来关于AWS ASG 的意外行为,AWS EKS 中的 AWS 启动模板、AWS CDK - 自定义 aws-lambda-nodejs 和 aws-lambda-python 使用的 Dockerfile、AWS CloudFormation:如何在 AWS Pipeline 中使用 Github Enterprise 作为源、AWS CodeBuild:如何在 AWS 实例中使用 .OVPN 文件的相关知识,希望对你有所帮助。

本文目录一览:

如何在 AWS linux 操作系统中安装生物信息学库,如trimmomatic、bowtie2、samtools、seqtk 等?

如何在 AWS linux 操作系统中安装生物信息学库,如trimmomatic、bowtie2、samtools、seqtk 等?

如何解决如何在 AWS linux 操作系统中安装生物信息学库,如trimmomatic、bowtie2、samtools、seqtk 等?

我无法找到一种方法来在基于 AWS linux 的操作系统中安装生物信息学和其他受支持的软件包,而这些软件包可在 ubuntu 中运行,并且他们的文档说它们支持基于 linux 的操作系统。有什么命令可以解决这个问题吗?

解决方法

使用 conda 安装许多常见的生物信息学软件包。例如:使用 conda install seqtkconda create --name seqtk seqtk 安装 seqtk 包。

,

docker container 拥有您需要的大部分生物信息学软件。您可以获取图像并在正在运行的容器中工作。 如果您不习惯使用 Docker 容器,还可以访问每个软件自己的网站,并根据他们的建议进行下载。

AWS ASG 的意外行为,AWS EKS 中的 AWS 启动模板

AWS ASG 的意外行为,AWS EKS 中的 AWS 启动模板

如何解决AWS ASG 的意外行为,AWS EKS 中的 AWS 启动模板

我已经创建了 AWS EKS 集群和托管节点组,并且我已经创建了 AWS ASG (Auto Scaling Group)AWS Launch Template。但是,当我将 AWS Launch Template 附加到托管 EKS 节点组时,它会创建现有(已创建)AWS Launch Template

的副本

--

MANAGED AWS EC2 LT

那些启动模板:

DEV/MANAGED/EKS-WORKERS-SM/LATEST/TEMPLATE/EU-CENTRAL-1X

eks-XXXXXXXX-XXXXXXXX-XXXXXXXX

完全相同,我不明白 EKS 为什么要创建重复项

--

同样的事情发生在 AWS ASG (Auto Scaling Group) 上,有什么办法可以解决这个问题吗?

使用的技术:

  • 地形
    • 启动模板资源
    • Auto Scaling 组资源
    • EKS 资源
    • EKS 节点组资源

解决方法

看来,您正在运行这两种资源。当你只想自己管理节点时,你不需要.text-truncate,而是需要使用EKS node group resourceLaunch Template resource,并加上适当的标签

AWS CDK - 自定义 aws-lambda-nodejs 和 aws-lambda-python 使用的 Dockerfile

AWS CDK - 自定义 aws-lambda-nodejs 和 aws-lambda-python 使用的 Dockerfile

如何解决AWS CDK - 自定义 aws-lambda-nodejs 和 aws-lambda-python 使用的 Dockerfile

是否可以将包 Dockerfile 使用的 aws-lambda-nodejs/aws-lambda-python 更改为包依赖项?

我目前的问题是我们在 CI/CD 服务器上使用 aws-lambda-python,其中 RUN pip install --upgrade pip 由于服务器上的配置错误而失败。我们对服务器几乎没有控制,所以想单独构建我们自己的镜像来规避这个问题。

AWS CloudFormation:如何在 AWS Pipeline 中使用 Github Enterprise 作为源

AWS CloudFormation:如何在 AWS Pipeline 中使用 Github Enterprise 作为源

如何解决AWS CloudFormation:如何在 AWS Pipeline 中使用 Github Enterprise 作为源

在文档中,我们给出了以下示例:

//def work_version = "2.4.0"

def work_version = "2.5.0-beta02"

// (Java only)
implementation "androidx.work:work-runtime:$work_version"

我已尝试将其更新为使用 GitHub 企业版,但不幸的是它不起作用。 有人可以展示如何正确配置它。 这就是我尝试这样做的方式:

AppPipeline: 
  Type: AWS::CodePipeline::Pipeline 
  Properties: 
    RoleArn:
      Ref: CodePipelineserviceRole 
    Stages: 
      - 
        Name: Source 
        Actions: 
          - 
            Name: SourceAction
            ActionTypeId: 
              Category: Source 
              Owner: AWS 
              Version: 1 
              Provider: S3 
            OutputArtifacts: 
              - 
                Name: SourceOutput 
            Configuration: 
              S3Bucket: 
                Ref: SourceS3Bucket 
              S3ObjectKey: 
                Ref: SourceS3ObjectKey 
            Runorder: 1

更新:

我发现 Github Enterprise 使用 codestar-connections。 我已将代码编辑为如下所示:

- Name: Source
  Actions:
    - Name: Source
      Runorder: 1
      InputArtifacts: []
      ActionTypeId:
        Category: Source
        Owner: ThirdParty
        Provider: GitHubEnterpriseServer
      Configuration:
        Owner: !Sub ${GitHubRepositoryOwner}
        Repo: !Sub ${GitHubRepositoryName}
        Branch: !Sub ${GitHubIntegrationBranch}
        OAuthToken: !Sub ${GitHubPersonalAccesstoken}
        PollForSourceChanges: false # Must be set to false when using webhooks
      OutputArtifacts:
        - Name: SourceArtifact

我现在处理的问题是连接权限:

  Stages:
    - Name: Source
      Actions:
        - InputArtifacts: []
          ActionTypeId:
            Version: ''1''
            Owner: AWS
            Category: Source
            Provider: CodeStarSourceConnection
          OutputArtifacts:
            - Name: SourceArtifact
          Runorder: 1
          Configuration:
            ConnectionArn: "arn:aws:codestar-connections:exxxxxxxxf382816da8"
            FullRepositoryId: "https://github.xxxxxx/cloudformation"
            BranchName: "main"
            OutputArtifactFormat: "CODE_ZIP"
          Name: ApplicationSource

AWS CodeBuild:如何在 AWS 实例中使用 .OVPN 文件

AWS CodeBuild:如何在 AWS 实例中使用 .OVPN 文件

如何解决AWS CodeBuild:如何在 AWS 实例中使用 .OVPN 文件

我有 .ovpn 文件,我使用它从本地 PC 连接到远程服务器以执行 terraform 命令。 如何使用 AWS CodeBuild Ubuntu 实例中的此文件?

到目前为止,我一直尝试在我的容器中安装 OpenVPN 服务器并使用 .ovpn 建立连接。

  - apt install -y network-manager-openvpn-gnome openvpn-systemd-resolved
  - openvpn --config test-dev.ovpn

但它无法解析文件中使用的 DNS 名称。 有人可以建议如何解决这个问题吗?

关于如何在 AWS linux 操作系统中安装生物信息学库,如trimmomatic、bowtie2、samtools、seqtk 等?的问题我们已经讲解完毕,感谢您的阅读,如果还想了解更多关于AWS ASG 的意外行为,AWS EKS 中的 AWS 启动模板、AWS CDK - 自定义 aws-lambda-nodejs 和 aws-lambda-python 使用的 Dockerfile、AWS CloudFormation:如何在 AWS Pipeline 中使用 Github Enterprise 作为源、AWS CodeBuild:如何在 AWS 实例中使用 .OVPN 文件等相关内容,可以在本站寻找。

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